Christoph Marthaler est né à Erlenbach, dans le canton de Zurich, en 1951.
Ses études musicales - il travaille entre autres le hautbois et la flûte - l'amènent à tenter quelques expériences de free jazz à base d'instruments anciens. Formé (comme Luc Bondy) à l'école de Jacques Lecoq, dont il suit les cours pendant deux ans sans renoncer à la musique, il travaille pendant les années 70 au Neumarkttheater de Zurich, aux côtés de Horst Zanki, en tant que musicien de théâtre. En 1979, il fait à ce titre une tournée à travers toute la Suisse au sein du " Schaubude " de Peter Brogle. Ses premiers projets musico-théâtraux à caractère néo-dadaïste, inspirés par Kurt Schwitters ou Erik Satie (une performance intitulée Vexations, d'une durée de 26 heures) datent du début des années 80 et sont présentés sur diverses scènes alternatives zurichoises.
Dans la décennie suivante, ses mises en scène au Théâtre de Bâle (où il est appelé par Frank Baumbauer en 1988), au Festival de Salzbourg, à la Deutsche Schauspielhaus de Hambourg et à la Volksbühne de Berlin confirment sa réputation de créateur théâtral, dont les œuvres contribuent à abolir les distinctions entre théâtre à texte et théâtre musical. C'est au cours de ses années bâloises que Marthaler rencontre la scénographe et costumière Anna Viebrock, à l'occasion de sa mise en scène de L'Affaire de la rue de Lourcine, de Labiche, en 1991. Elle devient l'un de ses partenaires artistiques les plus importants et le suit depuis lors dans toutes ses créations. A Bâle, ils créent également Faust. Eine subjektive Tragödie (Faust. Une tragédie subjective) d'après des thèmes de Fernando Pessoa, spectacle repris à Hambourg puis à Zurich.
Vers cette époque, notamment à l'occasion du sept-centième anniversaire du serment du Grütli, acte de naissance symbolique de la Confédération Helvétique (1291), Marthaler élabore à partir de la forme simple et traditionnelle du récital (en puisant par exemple dans le répertoire des chants de l'armée suisse) plusieurs spectacles qui élèvent quasiment l'"helvétitude" au rang de catégorie existentielle. Mais le spectacle légendaire qui lui vaut une notoriété internationale, monté à la Volksbühne, est un requiem pour la RDA : Murx den Europäer ! Murx ihn ! Murx ihn ! Murx ihn ab ! (Bousille l'Européen ! Bousille-le ! Bousille-le ! Bousille-le bien!) en 1993.
La même année, Frank Baumbauer prend la direction du Schauspielhaus de Hambourg, et y invite Marthaler, qui y met en scène plusieurs de ses grands spectacles : Faust, Wurzel aus 1+2 (Faust. Racine de 1+2) d'après Goethe, Die Hochzeit (Le Mariage) de Canetti, Kasimir und Karoline de Horvath, et les projets Die Stunde Null oder Die Kunst des Servierens (L'Heure zéro ou L'art de servir) et Die Spezialisten, ein Gedenktraining für Führungskräfte (Les Spécialistes, un entraînement mémoriel pour cadres) - un spectacle qui, depuis sa création en 1995, a tourné dans le monde entier. Marthaler poursuit cependant son travail à la Volksbühne. Il y crée, entre autres, Sturm vor Shakespeare (Tempête devant Shakespeare), Drei Schwestern (Les trois sœurs) de Tchekhov, Lina Boeglis Reise (Le Voyage de Lina Boegli), La Vie parisienne de Jacques Offenbach, sous la direction de Sylvain Cambreling. Encouragé par Cambreling et en étroite collaboration artistique avec lui, Marthaler commence dès lors à mettre en scène des opéras : Pelléas et Mélisande de Debussy, Luisa Miller de Verdi, Fidelio de Beethoven, Pierrot Lunaire /Quatuor pour la fin du temps de Schönberg /Messiaen, Katja Kabanova de Janacek, Les Noces de Figaro de Mozart.
En 2000, Marthaler prend la direction du Schauspielhaus de Zurich avec la dramaturge Stefanie Carp. Il y met notamment en scène Was ihr wollt (La Nuit des rois) de Shakespeare, Die schöne Müllerin (La Belle meunière) de Schubert, les projets Hotel Angst (Hôtel peur), Groundings, Goldene Zeiten (L'Age d'or), In den Alpen (Aux alpes) de Jelinek, et enfin Dantons Tod (La Mort de Danton) de Büchner. Néanmoins, il continue de travailler à la Volksbühne où il réalise Die zehn Gebote (Les dix commandements) d'après Viviani et Lieber nicht (Plutôt pas) d'après Bartleby, une nouvelle de Melville.
En juin 2004, Marthaler a quitté la direction du Schauspielhaus de Zurich après une dernière création : O. T., eine Ersatzpassion. Il travaille depuis comme metteur en scène indépendant.
En 2005 il a créé à Vienne, dans une section de l'hôpital Otto-Wagner, Schutz vor der Zukunft (Se protéger de l'avenir).
En 2007 il crée à Berlin les Légendes de la Forêt viennoise (Geschichten aus dem Wiener Wald) d'Horvath, qui tourne en France, et reprend les Noces de Figaro à l'Opéra de Paris.
Christoph Marthaler à l'Odéon :
Was ihr wollt / La Nuit des rois ou Ce que vous voudrez, d'après Shakespeare, en 2002
Seemanslieder, d'après Herman Heijermans, en 2005
Dantons tod (La Mort de Danton) de Büchner, en 2006
Maeterlinck, d'après Maeterlinck, en 2007